今回はこれまでとは異なる予選方式が採用された。最近のF1グランプリでおなじみのノックダウン方式で、2回目の予選を3つのセッションに区切り、徐々に台数を絞ってゆく“サバイバル”合戦。大方の予想通り、ハンディウェイトが無く、さらに2ランクの救済措置（マイナス50キロ）を受けているYellowHat YMS TOMICA GT-R 3号車が終始速さを見せつけてポールポジションを獲得した。2番手はディフェンディングチャンピオンのARTA NSX 1号車、3番手にはENEOS SC430 6号車。一方、これまでの活躍から50キロのハンディウェイトを積むPETRONAS TOM'S SC430 36号車は、2人のドライバーの渾身のアタックで最終セッションまで生き残って健闘の6番グリッド。

GT300クラスでは、1回目の予選でトップタイムをたたき出したウェッズスポーツIS350 19号車が車両規則違反のペナルティでまさかの最後尾スタート。昨年のもてぎ大会を制したユンケルパワータイサンポルシェ 26号車がポールポジション。前回2位のライトニング マックィーン apr MR-S 95号車は、65キロものハンディウェイトが効いて伸び悩み、予選21番手からの追い上げとなった。

午前中から強い日差しが降り注ぎ残暑が厳しい中、午後1時に63周の決勝レースがスタート。フォーメーションラップで、前回の鈴鹿1000キロで優勝したRAYBRIG NSX 100号車のエンジンがかからずにピットロードに押し戻されるハプニングが発生、波乱を予感させた。ポールポジションからスタートしたYellowHat YMS TOMICA GT-R 3号車は軽さにモノを言わせて後続を引き離し、トップを譲ることなく順調に周回を重ね、トップでチェッカーフラッグをくぐりぬけた。PETRONAS TOM'S SC430 36号車は、アンドレ・ロッテラー選手が得意のスタートダッシュで1ポジション上げて5番手にアップ。しばらくは前を走るXANAVI NISMO GT-R 23号車を追いかけるが、その差は徐々に開いてゆく。

26周目、XANAVI NISMO GT-R がドライバー交代、タイヤ交換、給油のためにピットイン。次の周、PETRONAS TOM'S SC430がピットイン、ドライバーを脇阪寿一選手に交代する。ここでトムスのクルーが素晴らしいピットワークで脇阪選手をXANAVI NISMO GT-Rの前でコースに復帰させることに成功、前回の鈴鹿に続くグッドジョブに歓声が上がった。この逆転劇を受けてXANAVI NISMO GT-Rは戦意を喪失したのかペースダウンし徐々に後退。
代わって背後に迫ったのは5番手スタートの宝山 KRAFT SC430 35号車。トヨタ勢同士、一時は1秒以内での攻防となったが、脇阪選手が踏ん張って4番手をキープ。その後、ハンディウェイトが無い上に1ランクの救済措置（マイナス25キロ）を受けた軽さをいかして、クラス最後尾から追い上げてきたEPSON NSX 32号車が、宝山 KRAFT SC430を抜き去って迫るも時すでに遅し。

終盤、3番手を快走するENEOS SC430とPETRONAS TOM'S SC430には約15秒もの差があったが、脇阪選手はアクセルを踏み続ける。ファイナルラップの最終コーナー、なんとPETRONAS TOM'S SC430が3位で立ち上がってきた。ENEOS SC430が燃料切れぎりぎりとなり大幅にペースダウン、最後まで全力疾走を続けた脇阪選手の気迫が0.9秒差で表彰台をもぎ取った。これで、PETRO NAS TOM'S SC430は、TAKATA 童夢 NSX 18号車と並ぶシリーズポイント・トップタイに浮上した。

GT300クラスは、予選1回目でトップタイムを記録しながらアクシデントのために最後尾スタートとなったウェッズスポーツIS350 19号車の追い上げに注目が集まった。予選後のエンジンチェックで不具合が見つかったものの、その後の再確認で問題は解決し、十分なポテンシャルを持ったままでレースに臨んだ。ウェッズスポーツIS350 19号車は、序盤からライバルを圧倒するハイペースで走行しオーバーテイクショーを披露。レースも残り7周となったところで24台目をパス。今季デビューのIS350が参戦5戦目にして初優勝、ドライバーの阿部翼選手にとってもスーパーGT初優勝となった。予選で苦戦したライトニング マックィーン apr MR-S 95号車は65キロのハンディウェイに苦しみ、クラス16位でレースを終えた。