北館と南館あわせて、約500種、5万点の生物を有する大型水族館。「35億年はるかなる旅～ふたたび海へもどった動物たち～」をテーマとした北館では、海洋哺乳動物のシャチ、ベルーガ、バンドウイルカなどを飼育展示している。長さ60m、幅30m、最大水深12mの日本最大級のメインプールでは、イルカパフォーマンスを楽しめる。南館では、「南極への旅」をテーマに、日本の海から深海、赤道の海、オーストラリアの水辺、南極の海までの、5つの地域や水域に住む生物を紹介している。水族館の隣には、カメ類繁殖研究施設もある。