平戸島の東部、宝亀湾を見下ろす高台に立つ。明治18年(1885)、京崎地区に仮教会が設けられ、明治31年(1898)にマタラ神父の指導の下、現在の宝亀教会が建立された。多くの建築的特徴をもつ聖堂で、基礎は石造りだが会堂部は木造切妻造りで、建物正面部分のみレンガ造りだ。屋根は単層切妻の瓦葺、会堂部側面には円型ハメ殺し窓の下に、出入りできる両開き窓を5面設けている。内部は三廊式で、天井は主廊、側廊ともにリブ・ヴォールト天井(コウモリ天井)の板張り。平戸を代表する美しい教会で長崎県指定有形文化財。見学の際はマナーを守り、入口の注意事項を一読、脱帽して静かに見学すること。カメラ撮影、飲食、喫煙は禁止。