「陣屋」とは、江戸時代に郡代や代官が執務を行った場所で、御役所や郡代（代官）役宅、御蔵などで構成されている。飛騨国は、元禄5年（1692年）に幕府直轄領となり、25代にわたって、郡代や代官による執務が高山陣屋で行われた。安永6年（1777年）に、飛騨代官が飛騨郡代へ昇格し、当時3か所あった郡代役所（関東、西国、美濃）と並ぶ、重要な幕府の支配拠点となった。幕末には、全国に60数か所あったと言われている郡代、代官所の中で、当時の主要建物が残っているのは、この高山陣屋のみである。昭和4年（1929年）には、国史跡に指定された。