元和2年（1616年）、大和（奈良県）五条から島原に移封した松倉豊後守重政により、元和4年（1618年）から7年余の歳月を費やして築かれた。昔、「四壁山」や「森岳」などと呼ばれた小高い丘を利用して築かれたので、別名を「森岳城」ともいう。松倉氏、高力氏、松平氏、戸田氏、松平氏と、4氏19代、253年間の居城であったが、明治7年（1874年）に廃城となり、民間に払い下げられた。以来、文字通りの荒城となっていたが、昭和39年（1964年）に、天守閣が復元されたのをはじめ、櫓も復元され、昔の面影がよみがえった。令和6年（2024年）には、築城400年を迎えた。