3億5000万年の地歴を誇り、日本最古とも言われている鍾乳洞。古生代中期の地層を持つ“自然洞窟博物館”として一般公開されており、太古のネイチャリング・アドベンチャーが楽しめる。洞窟内には石筍（せきじゅん）、石柱、つらら石、フローストーンなどの鍾乳石のほか、神秘的で美しいエメラルドグリーンの地底湖がある。日本で初めて岩盤上で発見されたウミユリの萼（がく）や、フズリナ、古代サンゴなどの化石も見ることができる。隣接する「幽玄洞展示館」では、洞窟内の案内図とともに、発見された海底化石の展示を行っており、生物の歴史や地層についてパネルなどを用いてわかりやすく解説している。